Nascida no ano de 1868 em Oglassa, Darfur, Sudão de uma família Sudaneza rica ela foi seqüestrada por mercadores de escravos com 9 anos e após torturada foi dado o nome de Bakhita (que significa a "afortunada") pelos mercadores e vendida no mercado de El Obeid em Khartoun. Finalmente comprada em 1883 por Callisto Legnani, cônsul italiano que panejava liberta-la .Ela acompanhou Legnani a Itália em 1885 e trabalhou para a família de Augusto Michieli como babá. Ela foi muito bem tratada pelo italianos e passou a amar a Itália com sua pátria. Convertida já adulta, ela entrou para a Igreja em 9 de janeiro de 1890 e tomou o nome de Josephina como um símbolo de sua nova vida.
Ela entrou para o Instituto das Filhas de Caridade de Canossiano, em Veneza em 1893 tomando seus votos em 8 de dezembro de 1896 em Verona e servindo como freira pelos próximos 50 anos. Sua presença gentil, sua voz amável, seu calor humano, e sua obstinação e vontade em ajudar qualquer tarefa que confortasse os pobre e os sofredores que iam a porta do Instituto, a fizeram famosa em pouco tempo. Quando sua biografia foi publicada em 1930 vários iam procurá-la para fizesse seus discursos e sermões para arrecadar fundos para as missões.
Faleceu em 8 de fevereiro de 1947 de causas naturais na Itália.
Foi beatificada pelo Papa João Paulo II em 1992 e canonizada em 1° de outubro de 2000 também pelo Papa João Paulo II na Basílica de São Pedro em Roma, embora fosse uma santa originária do Sudão.
Foi canonizada em 2000 pelo papa João Paulo II, após o reconhecimento, pelo Vaticano, de um milagre de cura ocorrido em Santos, Brasil em 1992. Eva Tobias da Costa solicitou a intercessão de Josephina Bakhita para sanar suas feridas incuráveis, o que aconteceu de imediato.
Foi indicada padroeira do Sudão.
Cerca de mil fiéis estiveram presentes na inauguração da primeira igreja do Estado de São Paulo em louvor a Santa Josefina Bakhita, no dia 04/02/2006. Na entrega do templo, à Rua República Portuguesa, 18 (Vila Mathias), foi celebrada Missa ao ar livre pelo Bispo Diocesano Don Jacyr Francisco Braido, auxiliado pelo Pe. José Paulo, pároco da nova capela.
Sua festa é celebrada no dia 8 de fevereiro.
